زمینه و هدف: نظام آموزشی جمهوری اسلامی ایران بر دو نهاد اصلی حوزه علمیه و دانشگاه استوار است که هر یک نقش کلیدی در تربیت نیروی انسانی، تولید دانش و شکل‌دهی به گفتمان فرهنگی-اجتماعی کشور ایفا می‌کنند.
روش شناسی: این پژوهش با روش کیفی و رویکرد تطبیقی-تحلیلی انجام شده است. برای گردآوری داده‌ها از دو روش اصلی استفاده شده است: نخست تحلیل اسنادی که شامل بررسی قوانین، آیین‌نامه‌ها و اسناد بالادستی مانند قانون اساسی، اساسنامه‌های حوزه و دانشگاه، سیاست‌های شورای عالی انقلاب فرهنگی و نقشه جامع علمی کشور بوده است. این اسناد با استفاده از نرم‌افزار MAXQDA مورد تحلیل محتوای کیفی قرار گرفته‌اند. دوم، مصاحبه‌های نیمه‌ساختاریافته با نمونه‌ای هدفمند شامل 18 نفر از اساتید دانشگاهی در رشته‌های حقوق، فقه و آموزش عالی، مدیران حوزوی و طلاب سطوح عالی حوزه‌های علمیه قم و مشهد بوده است. مصاحبه‌ها پس از پیاده‌سازی، با روش تحلیل مضمون مورد بررسی قرار گرفته‌اند.
یافته ها: نتایج پژوهش حاکی از تفاوت های ساختاری و کارکردی عمیق بین حوزه های علمیه و دانشگاهها در نظام آموزشی ایران است. از یکسو، حوزه های علمیه با تکیه بر سنت فقهی و استقلال تاریخی، نظامی خودبنیاد و متکی بر وجوهات شرعی دارند که مشروعیت آن ریشه در مرجعیت دینی دارد. از سوی دیگر، دانشگاهها در چارچوب قوانین دولتی و معیارهای علمی جهانی عمل میکنند و مشمول نظامهای نظارتی رسمی هستند.
نتیجه گیری: نتایج این پژوهش نشان می دهد که تفاوت های ساختاری و کارکردی بین حوزه های علمیه و دانشگاه ها در ایران، ضمن حفظ تنوع و استقلال این نهادها، چالش های مهمی در مسیر هماهنگی نظام آموزشی ایجاد کرده است. حوزه های علمیه با حفظ ساختار سنتی و خودبنیاد خود، کانون تولید و ترویج معارف دینی باقی مانده اند، در حالی که دانشگاه ها با پیوند به نظام بین المللی علم، نقش محوری در توسعه علمی کشور ایفا می کنند.